Como hemos visto, el ICFES finalmente avaló el proyecto de crear el primer programa a 10 semestres ofrecido por la Universidad de Pamplona, con base en una propuesta enmarcada en el estudio y aplicación de los microorganismos en el sector productivo, especialmente el alimentario. Este logro, fue el resultado del trabajo y dedicación de un grupo de profesores vinculados al departamento de Biología-Química de la entonces Facultad de Ciencias Básicas y de las directivas de la época, quienes estructuraron la idea entendiendo el compromiso y las implicaciones futuras que se derivarían de esta naciente propuesta, especialmente si consideramos que para ese entonces la Universidad de Pamplona se constituía en la segunda institución del país en ofrecer un programa de pregrado en Microbiología, después de Los Andes.
Debido a que, rápidamente, el programa se constituyó en uno de las más importantes que ofrecía la institución, surgió la necesidad de crear la sección de Microbiología adscrita al Departamento de Biología-Química. Los inicios no fueron fáciles, con múltiples inconvenientes que fueron superados progresivamente por el personal que laboró en la ejecución de dicha propuesta. El Programa de Microbiología, en Octubre 21 de 1993, año y medio después de su puesta en marcha, realiza la primera propuesta de autoevaluación, con miras a su propio fortalecimiento. Posteriormente en 1996, se realiza el primer análisis DOFA que consideraba una cantidad significativa de aspectos pertinentes all programa. Durante esos 5 años, el programa fue creciendo en todos sentidos, se vinculó la primer docente propia del programa procedente de la Universidad de los Andes, la profesora Claudia Clavijo. Posteriormente se vincularon las docentes Fanny Herrera y Angela Wilches, procedentes de la misma institución. Igualmente se contó con la participación de docentes de origen Cubano y Venezolano para la orientación de algunas asignaturas específicas; así como el uso de espacios tanto en “La Casona” como en el entonces “CETA”, hoy parte del actual campus universitario, donde se construyó el primer laboratorio específico de Microbiología, en el cual se llegó a prestar servicios a la comunidad. En esa misma época se construyó el bloque L (actual Francisco José de Caldas) que fue sede de varios laboratorios propios y de apoyo para el programa. En esta dinámica de transformación, el 19 de Diciembre de 1996 se graduó la primera promoción de profesionales formados en la Universidad de Pamplona.
Con el paso del tiempo, el programa fue renovándose con el fin de estar acorde a los retos que el contexto le exigía, a nivel académico y profesional. En 1997 se creó el Departamento de Microbiología, adscrito entonces a la Facultad de Ciencias Naturales y Tecnológicas, donde permanecería por 5 años. En Abril del año 2000, se actualizó el programa ante el ICFES para darle continuidad al ofrecimiento del mismo. Ese mismo año se convocó a la comunidad académica del programa para llevar a cabo la primera reflexión sobre el plan de estudios, surgiendo una propuesta que incorporó algunos campos de formación que permitieron fortalecerlo. En Agosto del año 2001, la administración asume el compromiso institucional de trabajar en el proceso de mejoramiento continuo y de acreditación de los programas presentando un plan de trabajo, que se inició con la conformación de los Comités de Acreditación por programa, siguiendo unas políticas enmarcadas dentro del gran reto de la acreditación institucional. Durante el primer semestre del año 2003, el Departamento de Microbiología pasó a ser parte de la joven Facultad de Salud, y como si de una transición se tratase, en el segundo semestre del mismo año, el Departamento de Microbiología retornó a la recién creada Facultad de Ciencias Básicas, desde donde se administra hasta el día de hoy.
Gracias al compromiso con la calidad académica y desarrollo del programa, en Febrero de 2004 el MEN otorga mediante resolución 540 el Registro Calificado, lo cual nos posicionó como uno de los programas bandera de la institución. Dadas las nuevas perspectivas gubernamentales, en Agosto del año 2005, por recomendación del CONACES el nombre del programa se vio sometido a un cambio, consistente en el retiro del énfasis, desde entonces el programa pasó a denominarse: Microbiología. Esta modificación se llevó a cabo de manera paralela, con una revisión y reforma del plan de estudios (Actual pensum 2006). Posteriormente por resolución 4608 del 2005 el MEN reitera el otorgamiento del Registro Calificado por un tiempo de 7 años, a partir de la fecha de registro en el SNIES (28 Noviembre de 2005). El compromiso institucional y del personal adscrito al programa han conseguido que esa propuesta inicial gestada en la década de los ochenta, denominada Microbiología, además de llegar a ser el programa profesional más antiguo de la Universidad de Pamplona, se haya consolidado como uno de los mejores programas a nivel institucional.
Debido a la proyección del programa, la administración de la institución respaldó el hecho de que el programa se sometiera al proceso de autoevaluación con miras a conseguir la acreditación de alta calidad. En esta ruta, la Universidad de Pamplona recibió a inicios del año 2007 la visita de pares académicos asignados por el CNA (Consejo Nacional de Acreditación), quienes verificaron las condiciones en las que se oferta el programa y su coherencia con lo consignado en el documento de autoevaluación. Finalmente, como fruto de todo este proceso el MEN, mediante resolución número 4055 del 19 de julio de 2007, otorgó al programa de Microbiología, la Acreditación de Alta Calidad por un periodo de 4 años. Se trató de un reconocimiento obtenido como consecuencia del trabajo en equipo de Docentes, Estudiantes, Egresados y Administrativos que hacen parte de nuestro programa, y fruto de la madurez, nivel académico, potencial de la planta profesoral y el gran impacto de nuestros egresados sobre el entorno regional y nacional. Este logro nos convirtió en el segundo programa de Microbiología a nivel nacional y el primero ofertado por una universidad pública en alcanzar este reconocimiento. La obtención de esta distinción por parte del CNA implica una gran responsabilidad para el departamento y la institución, un compromiso de todos con el mejoramiento continuo del programa.
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